Comme vous avez pu le remarquer avec le logiciel TimeMachine vous ne pouvez pas sélectionner les dossiers à sauvegarder. Mais vous pouvez par contre sélectionner les dossiers à exclure de votre sauvegarde. Pour sélectionner le ou les dossier(s) à ne pas sauvegarder aller dans les préférences système puis dans Time Machine :

Une fois dans le menu Time Machine cliquez sur "Option" :

Maintenant cliquez sur le "+"

Ensuite sélectionner le dossier à exclure de votre sauvegarde et cliquer sur exclure.

Le dossier que vous avez sélectionner précédement apparait dans la liste. Il vous suffit de répéter la même opération pour ajouter de nouveau dossier à exclure. Une fois fini cliquez sur "terminé"